MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA03

Total Repeats: 1579

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015659	CTG	2	6	11	16	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015659	ACGC	2	8	32	39	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015659	ATTG	2	8	46	53	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015659	CG	3	6	102	107	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015659	ATT	2	6	155	160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015659	CGA	2	6	191	196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251461
7	NC_015659	GAC	2	6	207	212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251461
8	NC_015659	TCG	2	6	213	218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251461
9	NC_015659	GCT	2	6	266	271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251461
10	NC_015659	CG	3	6	315	320	0 %	0 %	50 %	50 %	336251461
11	NC_015659	AC	3	6	325	330	50 %	0 %	0 %	50 %	336251461
12	NC_015659	CGA	2	6	341	346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251461
13	NC_015659	CGA	2	6	350	355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251461
14	NC_015659	CGT	2	6	362	367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251461
15	NC_015659	CGTGGC	2	12	394	405	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_015659	GCTAC	2	10	426	435	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_015659	CGA	2	6	440	445	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015659	GCC	2	6	467	472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_015659	CGAC	2	8	508	515	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_015659	ACC	2	6	529	534	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	336251462
21	NC_015659	ATG	2	6	586	591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336251462
22	NC_015659	TCG	2	6	600	605	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251462
23	NC_015659	CGT	2	6	624	629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251462
24	NC_015659	TTC	2	6	642	647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336251462
25	NC_015659	CGT	2	6	666	671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251462
26	NC_015659	AGA	2	6	750	755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336251462
27	NC_015659	GCCG	2	8	843	850	0 %	0 %	50 %	50 %	336251462
28	NC_015659	GCT	2	6	873	878	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251462
29	NC_015659	TAC	3	9	1021	1029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336251462
30	NC_015659	CGA	3	9	1080	1088	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251462
31	NC_015659	CGA	2	6	1134	1139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251462
32	NC_015659	CA	3	6	1254	1259	50 %	0 %	0 %	50 %	336251462
33	NC_015659	CG	3	6	1278	1283	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_015659	CAG	2	6	1317	1322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251463
35	NC_015659	AG	3	6	1385	1390	50 %	0 %	50 %	0 %	336251463
36	NC_015659	CTG	2	6	1426	1431	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251463
37	NC_015659	TC	3	6	1433	1438	0 %	50 %	0 %	50 %	336251463
38	NC_015659	GT	3	6	1585	1590	0 %	50 %	50 %	0 %	336251463
39	NC_015659	CAG	2	6	1650	1655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251463
40	NC_015659	TGA	2	6	1677	1682	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336251463
41	NC_015659	TCC	2	6	1790	1795	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	336251463
42	NC_015659	AG	3	6	1830	1835	50 %	0 %	50 %	0 %	336251463
43	NC_015659	TGC	2	6	1886	1891	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251463
44	NC_015659	CGA	2	6	1957	1962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251463
45	NC_015659	GAC	2	6	1969	1974	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251463
46	NC_015659	CGT	2	6	2007	2012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251463
47	NC_015659	CGCC	2	8	2035	2042	0 %	0 %	25 %	75 %	336251463
48	NC_015659	TGG	2	6	2047	2052	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	336251463
49	NC_015659	C	6	6	2056	2061	0 %	0 %	0 %	100 %	336251463
50	NC_015659	CAT	2	6	2092	2097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336251463
51	NC_015659	CGT	2	6	2151	2156	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251463
52	NC_015659	TCT	2	6	2175	2180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336251463
53	NC_015659	TCG	2	6	2210	2215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251463
54	NC_015659	GCCG	2	8	2283	2290	0 %	0 %	50 %	50 %	336251463
55	NC_015659	GTC	2	6	2416	2421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251463
56	NC_015659	ATCG	2	8	2443	2450	25 %	25 %	25 %	25 %	336251463
57	NC_015659	ACG	2	6	2478	2483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251463
58	NC_015659	GCC	2	6	2511	2516	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251463
59	NC_015659	GAG	2	6	2530	2535	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	336251463
60	NC_015659	GGA	2	6	2565	2570	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	336251463
61	NC_015659	GACT	2	8	2617	2624	25 %	25 %	25 %	25 %	336251463
62	NC_015659	CGA	2	6	2739	2744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251463
63	NC_015659	CCT	2	6	2745	2750	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	336251463
64	NC_015659	AGC	2	6	2765	2770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251463
65	NC_015659	GCAA	2	8	2801	2808	50 %	0 %	25 %	25 %	336251463
66	NC_015659	AAG	2	6	3079	3084	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015659	CA	3	6	3097	3102	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015659	GTC	2	6	3236	3241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251464
69	NC_015659	CGT	2	6	3457	3462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251464
70	NC_015659	TCG	2	6	3475	3480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251464
71	NC_015659	GCT	2	6	3502	3507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251464
72	NC_015659	AAG	2	6	3551	3556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336251464
73	NC_015659	TTC	2	6	3620	3625	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336251464
74	NC_015659	TTC	2	6	3674	3679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336251464
75	NC_015659	CGA	2	6	3688	3693	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251464
76	NC_015659	CGA	2	6	3742	3747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251464
77	NC_015659	TCG	2	6	3759	3764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251464
78	NC_015659	GAA	2	6	3902	3907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336251464
79	NC_015659	AG	3	6	3923	3928	50 %	0 %	50 %	0 %	336251464
80	NC_015659	GCC	2	6	3989	3994	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251464
81	NC_015659	CAGCG	2	10	4052	4061	20 %	0 %	40 %	40 %	336251464
82	NC_015659	GCC	2	6	4065	4070	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251464
83	NC_015659	GTC	2	6	4071	4076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251464
84	NC_015659	CTC	2	6	4082	4087	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	336251464
85	NC_015659	CTG	2	6	4106	4111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251464
86	NC_015659	TCG	2	6	4122	4127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251464
87	NC_015659	GTC	2	6	4133	4138	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251464
88	NC_015659	GT	3	6	4321	4326	0 %	50 %	50 %	0 %	336251464
89	NC_015659	GTCG	2	8	4375	4382	0 %	25 %	50 %	25 %	336251464
90	NC_015659	CCA	2	6	4482	4487	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_015659	CG	3	6	4517	4522	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015659	ATG	2	6	4541	4546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015659	ACT	2	6	4565	4570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336251465
94	NC_015659	GCCC	2	8	4616	4623	0 %	0 %	25 %	75 %	336251465
95	NC_015659	GCC	2	6	4643	4648	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251465
96	NC_015659	CAG	2	6	4660	4665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251465
97	NC_015659	AAC	2	6	4700	4705	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	336251465
98	NC_015659	TCGCGA	2	12	4721	4732	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	336251465
99	NC_015659	GCCGAC	2	12	4818	4829	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	336251465
100	NC_015659	GTC	2	6	4870	4875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251465
101	NC_015659	CG	3	6	4907	4912	0 %	0 %	50 %	50 %	336251466
102	NC_015659	CTC	2	6	4955	4960	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	336251466
103	NC_015659	GCT	2	6	4966	4971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251466
104	NC_015659	CTC	2	6	5020	5025	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	336251467
105	NC_015659	AAC	2	6	5095	5100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	336251467
106	NC_015659	GAC	3	9	5113	5121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251467
107	NC_015659	GAA	2	6	5158	5163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	336251467
108	NC_015659	ACCG	2	8	5181	5188	25 %	0 %	25 %	50 %	336251467
109	NC_015659	TCG	2	6	5192	5197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251467
110	NC_015659	ACGCG	2	10	5202	5211	20 %	0 %	40 %	40 %	336251467
111	NC_015659	CGAG	2	8	5256	5263	25 %	0 %	50 %	25 %	336251467
112	NC_015659	CG	3	6	5264	5269	0 %	0 %	50 %	50 %	336251467
113	NC_015659	CGG	2	6	5298	5303	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	336251467
114	NC_015659	TCG	2	6	5325	5330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251467
115	NC_015659	TCG	2	6	5333	5338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251467
116	NC_015659	CGGTGT	2	12	5373	5384	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	336251467
117	NC_015659	GTC	2	6	5389	5394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251467
118	NC_015659	GTC	2	6	5421	5426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251467
119	NC_015659	CGGC	2	8	5491	5498	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_015659	CGA	2	6	5506	5511	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_015659	CTA	2	6	5520	5525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_015659	CGGT	2	8	5692	5699	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_015659	CG	3	6	5708	5713	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_015659	GTCG	2	8	5727	5734	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015659	GA	3	6	5740	5745	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015659	ACCG	2	8	5822	5829	25 %	0 %	25 %	50 %	336251468
127	NC_015659	CGC	2	6	5850	5855	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251468
128	NC_015659	CCG	2	6	5856	5861	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251468
129	NC_015659	GCG	2	6	5961	5966	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	336251468
130	NC_015659	GAC	2	6	6038	6043	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251468
131	NC_015659	CCG	2	6	6060	6065	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251468
132	NC_015659	CGA	2	6	6070	6075	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251468
133	NC_015659	CGGCC	2	10	6076	6085	0 %	0 %	40 %	60 %	336251468
134	NC_015659	CAG	2	6	6121	6126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251468
135	NC_015659	GCC	2	6	6178	6183	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251468
136	NC_015659	GTG	2	6	6242	6247	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	336251468
137	NC_015659	CGA	2	6	6274	6279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251468
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161	NC_015659	CGG	2	6	7217	7222	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_015659	AT	3	6	7278	7283	50 %	50 %	0 %	0 %	336251470
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164	NC_015659	GCA	2	6	7458	7463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_015659	CGG	2	6	7496	7501	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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209	NC_015659	ACT	2	6	9559	9564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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250	NC_015659	CGAT	2	8	11608	11615	25 %	25 %	25 %	25 %	336251474
251	NC_015659	ACG	2	6	11713	11718	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251474
252	NC_015659	ACC	2	6	11719	11724	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	336251474
253	NC_015659	ACG	2	6	11742	11747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251475
254	NC_015659	CCGAC	2	10	11761	11770	20 %	0 %	20 %	60 %	336251475
255	NC_015659	CCGT	2	8	11813	11820	0 %	25 %	25 %	50 %	336251475
256	NC_015659	CGT	2	6	11825	11830	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251475
257	NC_015659	CG	3	6	11832	11837	0 %	0 %	50 %	50 %	336251475
258	NC_015659	GTC	2	6	11865	11870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251475
259	NC_015659	GCCG	2	8	11932	11939	0 %	0 %	50 %	50 %	336251475
260	NC_015659	GTC	2	6	11942	11947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251475
261	NC_015659	GGTC	2	8	11952	11959	0 %	25 %	50 %	25 %	336251475
262	NC_015659	TG	3	6	11976	11981	0 %	50 %	50 %	0 %	336251475
263	NC_015659	AAC	2	6	12023	12028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
264	NC_015659	CGA	2	6	12100	12105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
265	NC_015659	AGTT	2	8	12158	12165	25 %	50 %	25 %	0 %	336251476
266	NC_015659	ATA	2	6	12176	12181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336251476
267	NC_015659	CGA	2	6	12183	12188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251476
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271	NC_015659	GAC	2	6	12360	12365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251476
272	NC_015659	GCA	2	6	12403	12408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251476
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380	NC_015659	GCCC	2	8	16569	16576	0 %	0 %	25 %	75 %	336251481
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386	NC_015659	CCGA	2	8	16744	16751	25 %	0 %	25 %	50 %	336251481
387	NC_015659	GTG	2	6	16752	16757	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	336251481
388	NC_015659	GA	3	6	16811	16816	50 %	0 %	50 %	0 %	336251481
389	NC_015659	CGA	2	6	16833	16838	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251481
390	NC_015659	GAC	3	9	16969	16977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251481
391	NC_015659	AGCGA	2	10	17004	17013	40 %	0 %	40 %	20 %	336251481
392	NC_015659	CAT	2	6	17104	17109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336251483
393	NC_015659	GAG	2	6	17129	17134	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	336251483
394	NC_015659	CCG	2	6	17149	17154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251483
395	NC_015659	CGT	2	6	17155	17160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251483
396	NC_015659	CGA	2	6	17218	17223	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251483
397	NC_015659	TCC	2	6	17238	17243	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	336251483
398	NC_015659	GAC	3	9	17273	17281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251483
399	NC_015659	CGT	2	6	17325	17330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251483
400	NC_015659	GGTG	2	8	17383	17390	0 %	25 %	75 %	0 %	336251483
401	NC_015659	TCG	2	6	17406	17411	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251483
402	NC_015659	TCG	2	6	17451	17456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251483
403	NC_015659	CGA	2	6	17518	17523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251483
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405	NC_015659	CGAC	2	8	17602	17609	25 %	0 %	25 %	50 %	336251484
406	NC_015659	CGA	2	6	17627	17632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251484
407	NC_015659	CCGG	2	8	17686	17693	0 %	0 %	50 %	50 %	336251484
408	NC_015659	CGT	2	6	17741	17746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251484
409	NC_015659	TAC	2	6	17805	17810	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336251484
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424	NC_015659	TCGA	2	8	18429	18436	25 %	25 %	25 %	25 %	336251484
425	NC_015659	AAC	2	6	18532	18537	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	336251484
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430	NC_015659	GAAC	2	8	18662	18669	50 %	0 %	25 %	25 %	336251484
431	NC_015659	TCG	2	6	18670	18675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251484
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451	NC_015659	TAG	2	6	19680	19685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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467	NC_015659	TAC	2	6	20422	20427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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473	NC_015659	CCGA	2	8	20800	20807	25 %	0 %	25 %	50 %	336251487
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480	NC_015659	GCG	2	6	21085	21090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	336251488
481	NC_015659	CCG	2	6	21114	21119	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251488
482	NC_015659	ACGGCC	2	12	21136	21147	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	336251488
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493	NC_015659	CGATC	2	10	21701	21710	20 %	20 %	20 %	40 %	336251489
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496	NC_015659	CCGA	2	8	21813	21820	25 %	0 %	25 %	50 %	336251489
497	NC_015659	CGC	2	6	21923	21928	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	336251489
498	NC_015659	GTC	2	6	21933	21938	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	336251489
499	NC_015659	CGG	2	6	22030	22035	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	336251490
500	NC_015659	ACG	2	6	22037	22042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	336251490

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